Неонатальная NGS-генодиагностика

Отрасли:

Медицина

Краткое описание:

Метод диагностики трех врожденных нарушений обмена веществ: муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии

Производитель:

ООО СЕКВОЙЯ ДЖЕНЕТИКС

Подробное описание:

В середине декабря компания Sequoia genetics (ГК Алкор Био, Санкт-Петербург) объявила о завершении работы по созданию уникального диагностического решения, предназначенного для диагностики наследственных заболеваний у новорожденных и о готовности к выводу данной тест-системы на рынок. Это решение для молекулярно-генетической диагностики, получившее название VariFind Neonatal assay, основано на технологии секвенирования следующего поколения (next-generation sequencing, NGS) и состоит из набора реагентов, протоколов и специализированного программного обеспечения.

Это единственное в мире диагностическое решение на основе технологии полупроводникового секвенирования, которое разрешено для клинического применения. Перед разработчиками стояла цель - надежное автоматизированное обнаружение вариантов на фоне качественного дикого типа исследуемых регионов; прорабатывались
проблемы:

- качество секвенограмм при секвенировании по Сангеру;
- отсутствие ПО для оценки качества секвенограмм;
- отсутствие ПО для сравнения данных секвенирования по Сангеру и NGS;
- нет соответствия между типами выходных данных по вариантам и качеству при анализе по NGS и секвенированиии по Сангеру.

Предложены решения:

- визуальная оценка качества (ABI, Australian Genome Research Facility);
- ПО для медицинских исследований – Mutation Surveyor (SoftGenetics);
- был разработан собственный алгоритм анализа данных и модуль для его осуществления, позволяющий автоматизировать процесс верификации.

Базовые принципы:

• Клиническая чувствительность – пропорция образцов, которые являлись положительными и были определены как положительные;
• Клиническая специфичность – пропорция образцов, которые являлись отрицательными и были определены как отрицательные;
• Аналитическое превосходство – способность метода обнаруживать значимые варианты, которые ранее были неизвестны для клинического образца;
• Необходимо включать в валидацию образцы с распространенными патогенными вариантами, т.к. генетическое окружение варианта может влиять на его детектируемость тест-системой;
• Первый диагностикум на основе новой методики должен пройти расширенную валидацию.
Разработан собственный план и протокол валидации, на основании общих рекомендаций. В основе - мультицентровое слепое исследование выборки клинических образцов.

3 лаборатории, сертифицированные на проведение молекулярно-генетических исследований, в том числе на NGS: StabVida (Лиссабон, Португалия), IPATIMUP (Порто, Португалия), - Centre for Genomic Research-University of Liverpool (Великобритания).

Образцы: 76 образцов от клинически здоровых людей, 232 образца с клиническим диагнозом, из них 68 без генетического подтверждения (1 или 0 патогенных аллелей).

Всего 66 различных патогенных вариантов в CFTR, 22 в PAH, 3 в GALT. Выборки: 3 лаборатории по 192 образца, 4 рана, 2 инициализации.

Описательные документы:

Отчет Павлова Александра - Руководителя проекта Sequoia genetics, ГК Алкор био Результаты разработки и клинических испытаний решения для диагностики наследственных заболеваний методом NGS.

Оценка эксперта:

Еще до окончания полной реализации, проект Неонатальная NGS-генодиагностика становился победителем многочисленных конкурсов и премий: Sequoia genetics лауреат премии Время инноваций, победитель Конкурса лучших инновационных проектов Санкт-Петербурга. В последних числах декабря 2013 года компания Sequoia genetics получила официальное уведомление от компании MediMark Europe о том, что диагностическое решение VariFind Neonatal assay с применением технологии секвенирования следующего поколения, предназначенное для выявления наследственных заболеваний у новорожденных, получило СЕ-марку Directive EC 98/79. Таким образом, новое решение для молекулярно-генетической диагностики производства Sequoia genetics разрешено для применения в in vitro диагностике на территории Евросоюза.

Результаты экспертизы:

Возможность диагностирования более 700 заболеваний, анализ 326 генов, суммарная длина таргетных регионов – 930 Kb. Область применения решения:

• Как этап в схеме неонатального скрининга (ИРТ-ДНК);
• Планирование семьи в группах риска;
• Расширенная диагностика в сложных случаях и при подозрении на мягкий фенотип;
• Пренатальная диагностика (инвазивная);
• Диагностика причин мужского бесплодия;
• Эпидемиологические генетические исследования.